《伊苏：起源》此次将时空背景回溯到《伊苏》初代作品700年前之古伊苏王国末期艾斯特利亚地方，采取双主角制，由擅长肉搏战的见习女骑士优妮卡托瓦(Yunika Tovah)与擅长魔法攻击的天才男魔道师雨果法克特(Hugo Fukt)担任主角。
　　游戏故事叙述由双胞胎女神与六神官治理、藉由黑真珠之力而繁荣的传说之国伊苏，突然遭受魔物军团侵袭，军团一路直逼王国核心的萨尔门神殿，女神与六神官便藉由黑真珠之力将神殿漂浮到空中，以躲避魔物侵略，但魔物建筑通天高塔计画进行攻略。在这关键时刻，象征伊苏的双胞胎女神却神秘失踪，此时六神官决定派遣精锐的骑士与魔道师前往魔物肆虐的地上世界，探寻女神的踪影，故事就此展开。